В Таб части документа есть колонка с флажкоми. 8,2
..
Пользователь отмечает галками что хочет, но некоторые позиции надо запретить помечать.
Они должны светиться как тусклые и уже помеченные.
...
Шрифт текста строки я поменял и поставил запрет на изменение флажка, а как сам флажок сделать тусклым и помеченным в избранных строках?

Доступность убирал?

А разве можно сделать доступность некоторым только строкам?

Форма управляемая или обычная?

(2) при выводе строки можно, оформление строк

в толстом клиенте

Процедура ПриВыводеСтроки(Элемент, ОформлениеСтроки, ДанныеСтроки)
  Если <> Тогда
    ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.ОтображатьФлажок = Истина;
    ЭлементыФормы.<ТП>.Колонки.<ИмяКолонки>.ТриСостоянияФлажка = Истина;
    ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.Флажок = 2;
    ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.ТолькоПросмотр = Истина;
  КонецЕсли;
КонецПроцедуры

(6) круто, но крышу сносит
другие ячейки пострадали

(6) этот код блокирует не только нужную строку, а всю колонку

(8) ну тогда ПриАктивизацииСтроки() делайте.

(8) врешь

(10) Это портит
ЭлементыФормы.<ТП>.Колонки.<ИмяКолонки>.ТриСостоянияФлажка = Истина;

(11) Это не портит. В (6) показано, как отобразить третье состояние флажка и запретить его изменять. Что бы другие ячейки работали по другому надо дописать.

Процедура ПриВыводеСтроки(Элемент, ОформлениеСтроки, ДанныеСтроки)
  Если <> Тогда
    ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.ОтображатьФлажок = Истина;
    ЭлементыФормы.<ТП>.Колонки.<ИмяКолонки>.ТриСостоянияФлажка = Истина;
    ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.Флажок = 2;
    ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.ТолькоПросмотр = Истина;
  Иначе
    ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.ОтображатьФлажок = Истина;
   
    Если <надо отобразить флажок?> Тогда
       ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.Флажок = Истина;
    Иначе
       ОформлениеСтроки.Ячейки.<ИмяКолонки>.Флажок = Ложь;
    КонецЕсли;
  КонецЕсли;
КонецПроцедуры

+(12) Кроме того, скорее всего, потребуется обработчик события ТП "ПриИзмененииФлажка" для запоминания состояний флажков (смотря где хранится информация).

(13) прав, (12) убивает данные, был флажок или нет (

(14) Какие данные "убивает"? Давай более подробно. Где хранится информация о состоянии флажков?