Написал правила для переноса, при обмене универсальными обработками все нормально. При обмене через механизмы обмена по правилам в файле обмена следующие строки:
<УдалениеОбъекта СсылкаНаОбъект="{"#",9343d4fc-8478-4f0c-b8b0-e2e532fe3ef9,402:90f414d64d1ca51a11e15c6b326bc40b}"/>
<УдалениеОбъекта СсылкаНаОбъект="{"#",9343d4fc-8478-4f0c-b8b0-e2e532fe3ef9,402:90f414d64d1ca51a11e15c8654a28cd0}"/>
<УдалениеОбъекта СсылкаНаОбъект="{"#",9343d4fc-8478-4f0c-b8b0-e2e532fe3ef9,402:90f414d64d1ca51a11e15c8654a28cd1}"/>
<УдалениеОбъекта СсылкаНаОбъект="{"#",9343d4fc-8478-4f0c-b8b0-e2e532fe3ef9,402:90f414d64d1ca51a11e15d1c4f1c9ff2}"/>
<УдалениеОбъекта СсылкаНаОбъект="{"#",9343d4fc-8478-4f0c-b8b0-e2e532fe3ef9,402:90f414d64d1ca51a11e15d1c4f1c9ff3}"/>

Хотя я их создавал эти документы. Проблема идентична как в v8: Типовой Обмен. УдалениеОбъекта СсылкаНаОбъект = ..

Помогите с решением или у кого был опыт с этим.

Помочь не могу. Но мимо тещиного дома я без песни не хожу! КД - зло.

КД - это крутая крутотень, разобраться надо только.

Есть какие идеи у кого?

Не дайте умереть ветке как в v8: Типовой Обмен. УдалениеОбъекта СсылкаНаОбъект = ..

(2) Нет там никакой крутотени. Навернули бог знает чего, через бог знает что, это бог знает что работает непойми как, из-за этого непойми как получаем неочевидные результаты. Львиная доля вопросов и ответов по КД - гадание на кофейной гуще.

(0) значит после того как создавал, ты уже их удалил.

(6) Да нет, база копия, сижу сам, создал документ и сразу выгружаю, стало на 1 больше удаленных.

(5) Возможно, но владея данной крутотенью дает неограниченыевозможности по переносу и синхронизации данных.

Вот припустим перенос данных между 7 и 8. Писать на OLE или COM?

Возможно код при записи вставить для регистрации изменений, а авторегистрацию отключить?

(9) Да. Быстро и надежно. КД это для тех у кого есть много времени и запас нервов.

(11) А если стоит вопрос в ежедневной синхронизации?

Итак вернемся к проблеме

Кому интересно, отписать решение проблемы?

Может пригодится:
В обработке ОбменДаннымиXML нашел такой кусок кода и закоментировал ниже строки:

// возможно это удаление объекта
           
Если ОтправкаЭлемента = ОтправкаЭлементаДанных.Удалить Тогда
               

Если Метаданные.РегистрыСведений.Содержит(ТекущийОбъектМетаданных) Тогда
                   
                   Данные.Очистить();
                   
               Иначе
               
       //ОтработатьУдалениеОбъекта(Данные, СтрокаСообщенияОбОшибке);
                                   
          //Продолжить;
                   
               КонецЕсли;
               
           КонецЕсли;

Все заработало, пометки на удаления ходят, все отлично! :) Спасибо всем за помощь!