При удалении элемента справочника Организации были показаны в списке три пустых документа (других ссылок больше нет). НайтиПоСсылкам выдает ссылки на те же  самые несуществующие документы в базе (три пустых документа).
Возможно термин "пустые" не оч. удачно выбран, т.к. документы не просто пустые (в них нет данных),а их как будто нет в базе и функция получитьобъект() вызывает следующую ошибку "Элемент не выбран!"

Каким образом можно вылечить проблему?

ТИИ не помогает
chdbfl тоже не решает проблему

база в файловом режиме

Мистика, выгрузить загрузить пробовали? Бывает помогает именно в таких случаях.

и выгрузить и загрузить и тестировать после этого тоже

и такое первый раз вижу

может есть все-таки решение/лечение?

УникальныйИдентификатор()возвращает 00000000-0000-0000-0000-000000000000

А если попробовать создать новый элемент справочника и через замену значений попробовать заменить неудаляемый, удалить и потом попробовать заменененный пометить на удаление и удалить? Что-то после написания более бредово выглядит, чем думалось)))

(5)сомнительно, что в справочнике проблема

увы не работает.
при замене значения надо будет все равно найти объект в базе (получитьобъект()) и потом записать его с новым значением. а это вызывает ошибку

(7) к (5)

по ходу это надо таблицы чистить, на SQL проблем бы не было, а вот как с файловым...
надо погуглить

(6) проблема не в справочнике, а в том, что в базе есть какие=то оч подозрительные документы, которые находятся по ссылке, но не могут быть определены как объекты

и я не знаю как их вычистить из базы,
надеялась, что всякие тестирования решат проблему, но увы.....

(9) если перенести базу в SQL, то как там чистить эти таблицы?

Это долго рассказывать. В общих чертах - воспользоваться Query Analyzer и запросом.

(13)хм. в настолько общих чертах я догадалась, что надо каким-то запросом выбрать эти сбойные данные в таблицах, просто возникает несколько подвопросов
1.как и где найти описание таблиц (что и где хранится)
2.написать запрос, который бы вернул эти данные - тут думаю сложностей больших не будет
3.как их потом удалить - тоже запросом?

резюмирую - где найти описание таблиц?

(13)и в догонку - про Query Analyzer в инете есть инфа?

1. В 1с есть метод ПолучитьСтруктуруХраненияБазыДанных() который показывает имена таблиц в терминах СУБД.
Про удаление читать здесь http://www.sql.ru/docs/sql/u_sql/ch15.shtml. Вообще прежде чем удалять тщательно погугли.

(16)буду делать. спасибо.

(17)и потренируйся на кошках сначала:)

ессно