Есть задача создать промежуточную (для безопасности) базу на MS SQL для дальнейшего взаимодействия с сайтом.
Как лучше организовать автоматизированную периодическую выгрузку?
При помощи каких инструментов?

Регламентное задание не предлагать?

Быстрее и лучше через SQL

(1) скорей всего подойдет я просто хочу понять чем народ такую задачу решает

Формируешь файл XML и заливаешь на сайт регламентным заданием.
На сайте работает планировщик, который этот файл обрабатывает.
Зачем какие-то промежуточные базы?

(4) Как сформировать XML в 1С?

ЗаписьXML = Новый ЗаписьXML;

ЗаписьXML.ОткрытьФайл("d:\Temp\Test.XML", "UTF-8"); //Открываем файл для записи, указываем кодировку

ЗаписьXML.ЗаписатьОбъявлениеXML();  // Записываем объявление XML

ЗаписьXML.ЗаписатьНачалоЭлемента("Организации"); // Начало элемента Организации

Выборка = Справочники.Организации.Выбрать();

Пока Выборка.Следующий() Цикл  // Начинаем выгружать организации

ЗаписьXML.ЗаписатьНачалоЭлемента("Организация"); // Начало элемента Организация

ЗаписьXML.ЗаписатьАтрибут("Код",Строка(Выборка.Код));

ЗаписьXML.ЗаписатьАтрибут("Наименование",Строка(Выборка.Наименование));

ЗаписьXML.ЗаписатьКонецЭлемента(); // Конец элемента Организация

КонецЦикла;

ЗаписьXML.ЗаписатьКонецЭлемента(); // Конец элемента Организации

Как-то так.
Дальше учись пользоваться поиском.

(5) Общегоназначения.ЗначениеВСтрокуXML()

(2) плюсую за SQL, один раз сделал и больше не занимаюсь выловом глюканов и поиском тех же веществ, которые употребляли писатели типовых выгрузок на сайт, чтобы понять, зачем они так делают

(9) а что мешает написать свою выгрузку в xml? где можно все сделать проще и понятнее.

(10) Здравый смысл мешает. Сайт свой, промежуточная система для контент-менеджеров - своя. Зачем городить лишнюю прослойку, продумывать структуру XML и мудиться с периодическими обменами, когда система для контент-менеджеров запросами в ХП все вытаскивает за доли секунды тогда, когда ей нужно.

Объем данных, который выгружается в XML средствами 1С минуты три, и потом еще раз нужно парсить обратно в SQL - напрямую вытаскивается быстрее, чем запустится фоновое задание в 1С.

(11) ну так написать свою выгрузку и все.
У предыдущего работодателя так и было сделано.
И все прекрасно работало через XML.
7 тыс. позиций, периодические обмены, 100 заказов в день.
За год было всего 3-4 случая с остановкой обмена и то не по нашей вине.