Вообще, реально ли это?
Если да, то как?

ДвоичныеДанные = ВнешняяОбработка.ХранилищеВнешнейОбработки.Получить();
        ДвоичныеДанные.Записать(ИмяФайла);

(1) Нет. Мне нужно взять обработку прямо из конфигурации.

(2) не, так прямо нельзя.

(3) При выгрузке конфигурации в файлы что происходит?

(4) Это совсем не "прямо". Идет выгрузка в xml. Можно ли из этого вытащить конкретную обработку и собрать обратно, большой вопрос. Ну и возможность запустить конфигуратор нужна.

У меня обработка написана под обычные формы (картографирование).
Нет времени переписывать под УФ.
Хочу при запуске из УФ запускать толстого клиента и запускать под ним эту же обработку.
Если не получится, придется перед хранить ее же в двоичном макете и выгружать на диск содержимое.

(6) https://s.fishki.net/upload/users/500165/201405/28/3ad24669e1b4d0f215dc604d4748d6b6.jpg

(6) "Если не получится" - не получится

(6) во внешних обработках нет модуля менеджера

(7) +1 бред какой то

На самом деле проще выгружать на диск обработку, которая будет запускаться через ключи командной строки 1с, Она же в в свою очередь запустит уже настоящую обработку из конфигурации.
Было бы идеально, если бы ключами запуска можно было сразу вызвать обработку конфы вместо внешней, но такого нет. А модуль приложения нежелательно менять.
В УТ 11 не предусмотрено такое через параметры запуска?

(11) ерундой маешься.
платформа новая - обработка старая
есть смысл работать в сторону убедить руководство выделить время/деньги/начинающего прога - переписать обработку под УФ.

(12) Я продаю свое ПО с интеграцией 1С УТ.
Всю интеграцию доделал с учетом УФ кроме этой обработки, которая нужна уже сейчас. Так что так.

(13) Судя по уровню ваших знаний 1С 8.3 мне искренне жаль покупателей

Например мне искренне интересно как можно суметь запустить толстого клиента ключами запуска если режим работы через веб-сервер.

А для УТ11 файловый вариант это единственный вменяемый способ работы нескольких клиентов (рабочих мест) для одной базы.

В своей обработке встроенной в конфу сделайте УФ форму и в ней ругайтесь что "Работает только в толстом клиенте, просьба обратиться к администратору..."

(15) В чем проблема? Все уже работает. Пользователя предупреждают и если он согласен запускается толстый клиент с этой обработкой.
Веб-сервер вообще не при чем.