Правильно ли я понимаю что если в магазинах нет префикса, то уникальный идентификатор (конвертация данных) может совпадать в 2-х магазинах?

(0) префикс это про номера, УИ здесь никаким боком. Вероятность совпадения УИ (сгенеренного системой) равна 0

(0) ващпе никак не связаны. Вот, почитать: http://catalog.mista.ru/public/635159/

(1) Тогда почему задваиваются документы после обмена если стоит в конвертации данных синхронизация по "искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта источника" ?

(3) Так если бы УИ совпали у тебя замещение было, а у тебя наоборот задвоение

(4) Где искать причину задвоения?

(5) В правилах.

(1) не 0 :)

(8) Ок, для пары 2^(-144)

(9) на самом деле намноооооого больше

(10) это для случайных. Почему реально больше?

(11) потому что они не случайные, очевидно же.

(12) Логично)