Его запускает Windows sheduller, он запускает bat файл, который запускает 1с, выполняется некоторое задание при запуске 1с,затем запускается обработка по закрытию 1с.
Как сделать чтобы 1с запускалась свернутой а не раскрытой на экране. Это окно даже свернуть нельзя так как выполняется выгрузка данных.

start /?

(1) ты и до виндовых chm-ов добрался?

start /min  вроде должен помочь..