Приобретают автобус.
финансирование идет частично из федерального бюджета, частично из местного. Соответственно, разные КБК.
как это реализовать?

Поставить на один. Без вариантов. Через 401

через 401 это как?

(2) на 106 копим затраты, потом перед принятием к учету 401(241) - 106 по федеральному КБК, 106 - 401(180) по местному