У нас сейчас в базе работает около 300 пользователей.
Планируется увеличение до 500-600 тел.
Я вот переживаю - есть ли какие нить ограничение например в винде или сервере приложений связанных с 1с?

не переживай... Пока железяка справляется - будет крутиться.

У кого нить вообще работает такое количество юзеров?