Бух говорит что: Дт:62 -  Кт:76.к = -500руб
Дт:76.к  - Кт:91.01 =-500руб
УПП ставит Дт:62 -  Кт:76.к = -500руб
Дт:76.к  - Кт:90.01.1 =-500руб
По НДС все нормально, через  91.01

При сторно должны быть такие же проводки, как сторнируемые, но с минусом.

Ваш К.О.

а для чего вообще нужен этот счет 76.К. В обновлении как то не написано толком.

(0) а вам не кажется, что вы написали абсолютно одинаковые проводки?

(3) счет 90 и 91(убытки прошлых лет)

(2) Для отражения разницы по корректировке. Причем они там с налоговым учетом что-то мутят.