При последнем обновлении, например, удален типовой модуль
ОбщийМодуль.РаботаСФайламиКлиент
У меня конфигурация измененная, поэтому он остался. А руками я его удалить не могу! (значок крестик не подсвечен)
При сравнении/объединении объектов в следующий раз надо поставить флажок "Разрешить удаление объектов", тогда можно будет посмотреть, что убирается в типовой и удалить сразу при обновлении