Мы оплачиваем работникам проезд плюс НДФЛ с него. Как это оформить в ЗУП?

(0)Добавить вид расчета, если нет.
Регистрировать документом "Регистрация разовых начислений", дальше как обычно.

В виде расчета поставить , является доходом в натуральном виде

если конечно вы им в зарплату эти суммы не перечисляете

Что значит "Настройки отражения в учете этого начисления будут использованы при формировании проводок по налогам и отчислениям"?
Это наверное, нужно сделать двумя ВР: по одному начисляется сама сумма стоимости билета, с него НДФЛ удерживается в обыкновенном порядке. А второй ВР: должна начислиться сумма НДФЛ со стоимости билета, которая тоже будет выдана на руки (какой код дохода? как отразиться в НДФЛ2)