Две абсолютно идентичные базы (РСБУ1 и РСБУ2). Плюс к ним - третья, аналогичная с минимальными доработками для ведения управленческого учёта (далее ИБУУ).

На примере справочника "Статьи затрат".
Из первой базы оный выгружается и так же загружается без проблем в ИБУУ
Из второй базы такой же справочник выгружается но из него загружается в базу УУ только четыре объекта.
В настройках ПКО статей затрат стоит "Искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта источника". Остальные флажки сняты.
Так же есть в ПКО такой код в обработчике "После загрузки":

Если Параметры.до_ВидИБ = "РСБУ2" Тогда
   Если НЕ ОбъектНайден Тогда
       ОбновитьНумерациюОбъектов(Объект.Метаданные());
       Объект.УстановитьНовыйКод();
   КонецЕсли;
КонецЕсли;

И в самой конвертации в обработчике "После загрузки объекта" код:

Если Параметры.до_ВидИБ = "РСБУ1" Тогда
   Объект.до_ВидИБ = ПредопределенноеЗначение("Перечисление.до_ВидыИБ.РСБУ1");
ИначеЕсли Параметры.до_ВидИБ = "РСБУ2" Тогда
   Объект.до_ВидИБ = ПредопределенноеЗначение("Перечисление.до_ВидыИБ.РСБУ2");
КонецЕсли;

Что я не так делаю?

4 объекта выгружается или загружается?

(1) Загружается

Выгружаются все объекты из двух баз.

каким образом появились две исходные базы? является ли одна из них копией другой на начальном этапе, когда справочник статей затрат уже был сформирован, например?

(4) Нет, копией не является. Справочники статей затрат были сформированы в каждой самостоятельно.

Вообще, цель, перегрузить в базу УУ справочники статей затрат из двух баз с разделителем по общему реквизиту, который в зависимости от того из какой базы выгружено принимает значение РСБУ1 или РСБУ2.

А вот контрагентов, наоборот постараться максимально совместить. Но до них я ещё не дошёл :)

(5) Так правила поиска тогда сформируй для статей не по ГУИ, а по полям, например код+ реквизит, который = РСБУ 1/2. тогда найдется как надо.