Возможно не нарушая конфигурацию настроить разные префиксы для разных касс в пределах одного подразделения!?
Если да, то как?

Не самих касс, а документов ПКО/РКО.

А по фамилиям кассиров не пробывал?

Дописать - раз плюнуть

(3) как дописать, чтобы конфа оставалась "типовой"?
"Включить возможность изменения" - и с этого момента при каждом обновлении помни что менял.

П.С. я имел ввиду штатными средствами, без "дописать".