В общем задача такая, есть много конфигураций в разных городах, конфигурация самописная и находится в постоянной разработке, возможно ли  выполнять автоматическое обновление всех этих конфигураций(проверять на стороне конфигурации наличие обновления в начале дня если есть то самообновится) имеется FTP сервер.

Я не против...

можно изобретать своё, можно купить готовое http://2is.ru/, много подобных решений есть

(1) В планировщика заданий поставь чтобы винда батник запускала со строкой обновления. А почему FTP и не яндекс диск например?

Вы не могли бы пример кода на 1С написать что б самообновление производилось ну или ссыку где почитать. Сам принцип какой?

FTP потому что уже есть лицензия настроеная обмен с нетиповых конф. в бух идет через FTP

А втиповые посмотреть?

Что б в типовые смотреть необходимо понимать где и в каком месте смотреть...

каков хитрец)

что, нетиповые уже обновляются полностью автономно?

(4)"ну или ссыку где почитать."

1.)Руководство по установке и запуску.
2.)Конфигурирование и администрирование

Здесь ещё вопрос: вся конфа самописка или на основе чего-то с сохранением поддержки?

Вся конфа с нуля обновляться всегда с Cf будет

(12) тогда (10) только пункт 1.
Даже больше скажу.
Почитай про параметры запуска.

(12) всегда cf - это напрасно. Почитайте про "поставка конфигурации" - достаточно понятно, можно и разобраться. При этом вполне отслеживаются релизы.

Ну и внимательно курить модуль приложения для автоматического обновления.

Для очень ленивых рулит глобальный поиск по "обновление"

++ в любой типовой