Есть некий контрагент "А".
Конвертацией выгрузил его в другую базу, где есть контрагент "а".
Поиском и заменой значений заменил все "а" на "А".
Картина такая:
http://content.screencast.com/users/Balabass/folders/Jing/media/1ffd5977-9e38-4215-8f61-20340383cd09/2013-09-18_1838.png
Можно перепровести, но это не выход из подобной ситуации.

Появляется типо пустое подразделение, которого нет на субсчете 10.*.