В СКД объединяются наборы данных запрос и объект.
Простой запрос

ВЫБРАТЬ
    ТоварыОрганизацийОстатки.Склад,
    ТоварыОрганизацийОстатки.Организация,
    ТоварыОрганизацийОстатки.Номенклатура,
    ТоварыОрганизацийОстатки.КоличествоОстаток КАК Остаток
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций.Остатки(&КонецПериода, ) КАК ТоварыОрганизацийОстатки


Аналогичный запрос делается во внешнюю базу

ВЫБРАТЬ
    ТоварыОрганизацийОстатки.Склад,
    ТоварыОрганизацийОстатки.Организация,
    ТоварыОрганизацийОстатки.Номенклатура,
    ТоварыОрганизацийОстатки.КоличествоОстаток КАК ОстатокВнешний
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций.Остатки(&КонецПериода, ) КАК ТоварыОрганизацийОстатки

выгружается в таблицу, сериализуется, подставляется в объект.
В результате имеем список номенклатуры с остатком текущей базы и внешней.
Все ок. но отбор при сравнении двух полей не работает, т.е. задаю Остаток<>ОстатокВнешний получаю пустой отчет, тоже самое Остаток=ОстатокВнешний.
Без отбора выводит все записи нормально.