"ВЫБРАТЬ
    
|    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Сумма,
|    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Регистратор.Ссылка,
|    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.СубконтоКт1 КАК Номенклатура,
|    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.КоличествоДт КАК Количество
|ИЗ
|    РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ДвиженияССубконто КАК ХозрасчетныйДвиженияССубконто
|ГДЕ
|    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Регистратор = &Ссылка";

доброе утро, подскажите почему данный запрос долго выполняется?

Ну, как вариант, потому что Меркурий сегодня в третьем доме.
А может и железо, на котором исполняется запрос. Обратись к админам, пусть промониторят его загрузку в этот момент.

(0) ты получаешь всю таблицу ДвиженияСсубконто и только потом из нее отбираешь по регистратору.

Попробуй вместо  
|ГДЕ
|    ХозрасчетныйДвиженияССубконто.Регистратор = &Ссылка

указать:
РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ДвиженияССубконто(,,Регистратор = &Ссылка) КАК ХозрасчетныйДвиженияССубконто

(0) А почему он должен выполняться быстро?

(2) все именно так.спасибо