Отчет на СКД использует следующий запрос.

ВЫБРАТЬ
    СУММА(ИмяРегистраОстаткиИОбороты.СуммаНачальныйОстаток) КАК СуммаНачальныйОстаток,
    СУММА(ИмяРегистраОстаткиИОбороты.СуммаКонечныйОстаток) КАК СуммаКонечныйОстаток,
    ИмяРегистраОстаткиИОбороты.Аналитика1,
    ИмяРегистраОстаткиИОбороты.Аналитика2,
    ИмяРегистраОстаткиИОбороты.Регистратор,
    СУММА(ИмяРегистраОстаткиИОбороты.СуммаПриход) КАК СуммаПриход,
    СУММА(ИмяРегистраОстаткиИОбороты.СуммаРасход) КАК СуммаРасход
ИЗ
    РегистрНакопления.ИмяРегистра.ОстаткиИОбороты(, , Регистратор, , ) КАК ИмяРегистраОстаткиИОбороты

СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ИмяРегистраОстаткиИОбороты.Аналитика1,
    ИмяРегистраОстаткиИОбороты.Аналитика2,
    ИмяРегистраОстаткиИОбороты.Регистратор

Если делать группировку по аналитке 1 и аналитике 2, то тогда неверно показывает начальный и конечный остаток верхней группировки.

Что-то не так с запросом?

а зачем ты в запросе группируешь?

(2) без группировки то-же самое было.
Подумал что так правильнее будет..

тогда всё верно

Какую-то отмороженную цифру оно показывает.

Начальный остаток по группировке 1 = сумма начальных остатков по группировке2 без учета отрицательных значений по группировке 2, умножить на 2