Как при УдаленииПомеченныхОбъектов не регистрировать изменения в Плане Обмена?

а чего не захотел не отправлять изменения?

(1) Действительно. Думаешь так проще?
Возможно есть в правилах регистрации такая опция (сам их не ковырял).
Если на низком уровне, то ставь подписку на нужные тебе объекты и очищай узлы в Объект.ОбменДанными.Получатели

написать внешнюю обработку с УдалитьРегистрациюИзменений

(2) вроде да
Процедура ПриОтправкеДанныхГлавному(ЭлементДанных, ОтправкаЭлемента)
    
Если ТипЗнч(ЭлементДанных) = Тип("УдалениеОбъекта");Тогда
        
ОтправкаЭлемента = ОтправкаЭлементаДанных.Игнорировать;
        
КонецЕсли;
    
КонецПроцедуры

(4) тока от регистраций база будет пухнуть:)