К сожалению уже пару часов месяц закрывается, никак поглядеть не могу. Смысл в том, что карта лояльности по одному и тому же клиенту учитывает покупки этого клиента у других подразделений фирмы, или считаются только покупки у данного подразделения?

Да УТ11.1, прошу прощения...

Покурил мануал. Так вот сходу понятно, что там только по организациям разделяются.
Думаю, можно посмотреть в настройке автоматических скидок в поле "Область". Что там пишут?