В нескольких справочниках ожидается, в среднем, по 500000 записей. Думаю добавить поле с флагом, поднимаемым в случае успешной синхронизации. И далее выгрузка производится только записей с отсутствующим флажком. Делать ли флаг (1/0) индексируемым или пусть сканирует? База SQL.

..да, запросы будут прямые

пусть сканирует.

Индекс по флагу - это кошмар для сервера