Когда программо заполняю документ, то суммабезНДС, суммаНДС, всего и т.п. автоматически не рассчитываются. Подскажите как сделать, чтобы рассчитывались.

Посмотреть, как эти суммы рассчитываются при ручном вводе и повторить это действо в программном заполнении

(1) Подскажи, как обратиться к процедуре модуля формы документа. Сделал так

ФормаДокумента=ДокументРеализации.ПолучитьФорму("ФормаДокумента");
    ФормаДокумента.ТоварыНоменклатураПриИзменении(НовыйТовар.Номенклатура);

пишет Метод объекта не обнаружен

смотри что происходит в ФормаДокумента.ТоварыНоменклатураПриИзменении. Скорее всего в ТоварыНоменклатураПриИзменении вызывается процедура общего модуля, которую и нужно использовать. Ну в нормальных типовых так

(3) Сначала заполняются структуры, потом передаются на сервер

(4) ну вот, создай структуры, заполни их и отправь на сервер. Оно тебе вернет, то что тебе надо.
В конце концов, посчитай прям тут, исходя из цены, ставки и включенности ндса в сумму.