Думаю, к конфигурации данный вопрос не имеет особого отношения.

В оборотно-сальдовой ведомости по счету 62, если смотреть по субсчетам по одному контрагенту, то по счету 62.01 Конечное сальдо Дт 1 520,00,
а по счету 62.02 Конечное сальдо Кт 842,50

Бухгалтера это напрягает, и проблема тут в том, что приходный кассовые ордера не на всю сумму покрывают долг за контрагентом по документам расчета.

У меня пара вопросов:
1. Как быть? Оставить все как есть? или же дать бухгалтеру правильно погасить долг по документам расчетов
2. Есть ли в природе обработка, которая поможет распределить сумму ПКО по не закрытым реализациям?

1. пусть гасит
2. напиши.

Вроде разобрался, надо в документе ПКО Погашение задолженности поставить в Автоматически, программа все распределит.
Только надо в хронологической последовательности это делать, иначе будет еще хуже.

хронологию восстановлением последовательности поправить можно.