Несколько раз запускал процедуру проверки с исправлением в плане пересчета итогов с опцией прерывания по времени и кадый раз процедура не желает прерываться.
Интересно опция прерывания работает вообще?

работает, мож на сервере время другое.

Нет на sql сервере время то - же. может дело в операции пересчета итогов? может такую операцию нельзя выполнять отдельно для каждого регистра?