(2) >Если запустить конфигурацию в режиме УП, наверное другие объекты самой конфигурации не будут работать.
Это почему? Может не работать какой-то код из-за того, что модуль обычного приложения не запускается, и что-то может не инициализироваться, но в целом особых проблем не возникает.
(2) врядли обработка открывает УФ формы документов, в остальном ни что не мешает присобачить к конфе УФ морду для запуска обработки
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший