Речь о торговле под заказ. Собственно есть магазины, есть заказы покупателей, есть документы ПТУ от поставщиков по товарам заказанным покупателями. Сначала все это добро приходит на один из основных складов компании. Далее необходимо узнать в какие магазины/склады необходимо переместить товары с основных складов.
Сейчас для выполнения этой операции выделяем отдельное подразделение для каждого склада магазина и указываем это подразделение в заказе покупателя. При поступлении товар встает в резерв под конкретный заказ покупателя. Чтобы определить по каким складам нужно распределить товар, смотрим отчет Товары в резерве на складах с фильтром по ДокументРезерва.Подразделение равное нужному магазину (подразделению). Отчет модифицирован таким образом, что он позволяет по кнопке в шапке сформировать документ перемещения на основании результата данных отчета на подобии как это сделано в отчете анализ заказов покупателей.
Вопрос: Существует ли штатный механизм для автоматического формирования складских перемещений с основного склада?

Похоже, что нет, так как при перемещении нужно указывать заказ резерва.

Кури обработку пакетный ввод документов.
Пакетный ввод — специальный режим оформления документов, позволяющий в удобной для пользователя форме создавать однотипные документы для разных складов и контрагентов.
С помощью пакетного ввода можно автоматизировать решение следующих задач:

Распределение по магазинам (розничным торговым точкам) имеющегося на складе товарного остатка (оформляются документы «Перемещение товаров»).
Распределение по магазинам (розничным магазинам) товаров согласно оформленным ранее от магазинов (розничных торговых точек) внутренних заказов (оформляются документы «Перемещение товаров»).
Оформление пакета накладных по оформленным ранее заказам покупателей, исходя из запланированной даты отгрузки и имеющегося товарного остатка, включая резерв по этим заказам (оформляются документы «Реализация товаров»).
Распределение товара по покупателям (комиссионерам) и оформление пакета накладных исходя из имеющегося на складе свободного остатка (оформляются документы «Реализация товаров»).
Оформление заказов поставщикам, исходя из текущей потребности для удовлетворения заказов покупателей (оформляются документы «Заказ поставщику»).
Оформление документов перемещения товаров между организациями

В режиме "Товары по розничным точкам/магазинам (из резерва)" на закладке Таблица, последнюю можно заполнить только "по внутренним заказам", а не заказами покупателей.
Смотрел так же режим "Товары по покупателям (из резерва)" но он формирует реализации прямо с центрального склада поступления.

(3) Что мешает допилить?

А чем это решение будет лучше по сравнению с уже реализованный ( доработанный отчет товары в резерве на складах с возможностью формирования перемещение товаров)??

да и вопрос внимательней читайте: МОЖНО ЛИ ШТАТНО