В системе создан аналог глобального модуля, загружается как класс при старте системы (путь указан в файле defcls.prm)

при изменении в модуле, нужно перезапускать 1С. чтобы изменения вступили в силу. Есть ли способ перезагрузки ?

Нет.

Можно, но нужно отключать оптимизацию в настройках 1С++, а это значительно снижает быстродействие при большом объеме классов.