Есть ли возможность программно запустить cmd.exe и передать в неё что-нибудь? Хотя бы "cd \"?
Или проще создавать батник и запускать его со всем что нужно?

Есть

Батник делаешь через "ТекстовыйДокумент"
На сервере, ты должен будешь по колдовать с Администрированием.
На Клиенте, все нормально создастся. И запустится.

+ Для 7.7 через Текст, через все что угодно. :)

(0) ЗапуститьПриложение("ping 192.168.0.1")    

но сомневаюсь что этот вариант тебе подойдет. лучше бы описал задачу целиком

shell.run чем плох?

(2) Так и сделал альтернативно. Спасибо.
(3) Надо запустить у юзера программку с определенными параметрами, находясь на сервере через рдп.
(4) Хороший вопрос. Щас попробую.

(3) ошибся. вызвать cmd можно через

КомандаСистемы (System)
Синтаксис:

КомандаСистемы(<СтрокаКоманды>, <ТекущийКаталог>)
Параметры:

<СтрокаКоманды> (обязательный)

Тип: Строка.
Команда системы.
<ТекущийКаталог> (необязательный)

Тип: Строка.
Устанавливает текущий каталог на время выполнения команды.
Описание:

Вызывает на исполнение команду операционной системы, как если бы она была введена в командной строке.

Доступность:

Тонкий клиент, толстый клиент.
Примечание:

После загрузки Windows-приложения управление возвращается в 1С:Предприятие и исполнение модуля продолжается.

эмулировать вызов*

(6) Не знаю откуда Вы взяли второй параметр в "КомандаСистемы", но у меня 1сина на него ругается.

Всё, сделал через обычный батник. Осталось в правами поколдовать. Всем спасибо.