В передВыгрузкой для ПКС ЕдиницаИзмерения написал так:
Значение = Источник.Владелец.БазоваяЕдиницаИзмерения;
По итогу не у всех записей РС ШтрихКоды в приемнике проставляется единица измерения.
Как нужно сделать правильно?

Фишка в том, что в базе источника нет измерения "единица измерения".
И для меня кстати загадка, почему не для всех подходит БазоваяЕдиница номенклатуры в качестве единицы измерения в приемнике.

Посмотрите внимательно на данные, может где-то что-то не совпадает.. галочки проверьте, как/по каким полям вы ищите единицу измерения в приемнике, создается ли новая, если элемент не найден.
Где-то ошибка, магии не бывает.
И название конфигураций указали бы

(2) Приемник УТ 10.3, источник сильно переписанная УТ 10.3
С переносом самих единиц измерений все норм, то есть сама по себе номенклатура переносится правильно, в том числе и ее единицы измерения.

Собссно, сама единица ищется по владельцу и по классифиактору, классификатор ищется по коду

Источник.Владелец.БазоваяЕдиницаИзмерения;  это же из классификатора

(5) Млять, точно...