Посмотрел процедуру.
Процедура ЗаполнитьПоОстаткамНаСкладе(ПостроительОтчета, ТолькоУчетные = Ложь, УпрУчет=Истина) Экспорт
Берет остатки из регистра "ОстаткиНаСкладах" в разрезе склада, и левым соединением присоединяет данные из РегистраПартий.

В итоге, на каждую организацию в разрезе склада имеем практически одинаково заполненную инвентаризацию (с ОстатковНаСкладе) с себестоимостью из регистра партий.

Как-то коряво получается. Переделать под себя недолго, но возникает вопрос - а как другие в этой ситуации поступают?

Ну как бы для этого отдельная кнопка "Заполнить по остаткам на складе (регл. учет)"

Спец кнопка в подменю Заполнить.

(1) Это выбор какой из регистров партий будет использоваться для расчета себестоимости. Управленческий или бухгалтерский. Но в обоих случаях они присоединяются левым соединением к ТоварыНаСкладах (если склад оптовый) и ТоварыВРознице (если розничный). Оба они хранят данные по складу без учета организации.
(2) Кнопка отправляет в описанную в шапке процедуру

Если организация одна-единственная, то разницы нет. А если по складу двигают товар три-четыре штуки, и у каждой свой учет - начинаются проблемы.

Мне просто интересно, как вы будете делить каждую штуку на складе по организациям в момент проведения инвентаризации.
Или это разные склады?

(3) ну отправляет в описанную в шапке процедуру да.
а что каждый раз набор параметров, которые в процедуру передаются, одинаковый?

Процедура ЗаполнитьПоОстаткамНаСкладе(ПостроительОтчета, ТолькоУчетные = Ложь, УпрУчет=Истина)

Обратить внимание на последний параметр.