в отчете присутствуют товары у которых есть себестоимость на начало периода и на конец, но нет количества , есть у которых себестоимость в приходе/расходе, без количества.
от чего такое получается и что означает?

получается из-за правок документов задним числом.
После таких правок не сделали расчет себестоимости.

соответственно (не написал сразу), что сейчас сделать чтобы этих цифр не было?
расчетать себестоимость за каждый месяц?

(2) начни с этого

Открой для себя в УТ 11 обработку "Закрытие месяца". А то выяснится, что там одним расчетом себестоимости дело не ограничится...

не нашел где ввести документ "расчет себестоимости" (почему в интерфейсе нет этого документа?), но фоновое задание пытается расчетать себестоимость.
Но у него не получаеться

"По номенклатуре Переходник с мет.резьбой внутренней 40 х 5/4" FV-PLAST Чехия (Серый цвет), код: 00-00000079, склад: Основной склад, организация: ХХХХХ обнаружен некорректный остаток в регистре "Себестоимость товаров": Количество = 0, Стоимость = 68 208,57, СтоимостьБезНДС = 57 803,88, СтоимостьРегл = 57 803,88"

(5) в закрытии месяца и у меня такая же проблема, как побороть - я не знаю
а сам документ расчета можно и через все функции и открыть

(5) Посмотрите по регистру - откуда такой остаток с такой себестоимостью взялся.

восстановление последовательностей никак не влияет
как то натянули расчет себестоимости от обновления на свою конфигу - один месяц закрылся нормально, на втором снова продолжился сабж, вернули старый расчет

ошибка при расчете себестоимости.

ЧТо это значит?

"Не оформлены передачи товаров от отправителя: "Общество с ограниченной ответственностью ХХХХХ", на получателя: ИП "YYYYYYYY " ОГРНИП &&&&&&&&&&&, по складу: ZZZZZZZZ"

товар с ооо на ип передают через закупку.

продали чужой товар, а документы продажи между своими организациями не ввели.
а как еще можно передать, как не через продажу\закупку?

(10) им что чужой товар, что Родину - продадут не моргнув... а хрен ли...