Есть таймер который должен запускаться в рабочие дни а выходные дни должен останавливатся как это реализовать ?

Регламентированный календарь есть в конфе?

База пустая, одна обработка( тот самый таймер)

Если под выходными подразумеваем субботу и воскресенье, то есть функция ДеньНедели(). Если нужно ещё и праздники учитывать, то через Регламентированный календарь.

Ее скачать можно? и откуда?

функцию качать из синтакс помощника, но только сперва получив разрешение у ДенисЧ