При работе кассира, открываем форму выполнить обмен, выполняем, запускается бат файл, который открывает 1с под роботом со всеми правами, происходит обмен, после окончания обмена, нужно закрыть 1с, как это сделать подскажите пожалуйста?

никакое открытие 1с не нужно !!!

нужно использовать регламентные задания и сервер 1с

Либо мягко - настроить в 1С выход после обмена, либо жёстко: KillProcess или подобные.

(1) А подробнее можно?)

(3) совсем обленился? или гугл забанен?

http://programmist1s.ru/1s-nastroyka-reglamentnyih-i-fonovyih-zadaniy/