Очередная сильно умная ГБ просит отключить в списке выбора договора отбор по виду, то есть, и в ПТУ, и в РТУ хочет ставить один и тот же договор. Делать это не хочу. Вопрос: какими проблемами это чревато?

(0) проблемами порчи отношений с умной ГБ.

(1) Это и так понятно, а в техническом плане что может вылезти?

(2) Не знаю :(
Но знаю одно: проси письменный документ, типа ТЗ, без него все последствия отразятся на тебе.
"Заказчик всегда прав", если не прав - читай эту строку с начала..

+3 а лучше всего - сооруди параллельный вариант, чтобы можно было вывернуться двумя способами.