ЗУП 2.5, релиз 2.5.101.2.
Ситуация :

в январе 2016 вводим больничный сотруднику за декабрь с 10 по 22,
в больничном дата выплаты дохода по НДФЛ стоит 01.01.2016
сумма больничного : 4 336,
сумма всей зп с больничным 38 836
+питание 580 рублей.

В расчетном листке видим 2 записи по НДФЛ:
1) НДФЛ исчисленный 1-31 декабря = -(минус) 564 рубля,
2) НДФЛ исчисленный 1-31 января 5124 рубля.

Возникает вопрос ,откуда взялась сумма - 564 рубля, если вторая сумма посчитала правильно, и как её убрать или рассчитать корректно НДФЛ за январь.

За декабрь же сотруднику было чтото начислено? Больничный сторнирует то начисление, ну и НДФЛ по нему

В декабре были  невыходы, и соответственно оплата по окладу была начислена только за отработанные дни, ничего не сторнировалось

"в больничном дата выплаты дохода по НДФЛ стоит 01.01.2016" // Если галка "При начислении исчисленный как удержанный бла-бла-бла" не стоит, то вот тебе общее правило: дата документа теперь не должна превышать планируемую дату выплаты дохода по НДФЛ