Учет продаж ведется в Рознице 2.2 с выгрузкой данных в Бухгахтерию предприятия 3.0.
Вполне регулярная ситуация, когда товар продается в минус, в этом случае отрабатывется некорректно:
В 1С Рознице в документе Пересчет товаров реквизит табличной части Товары - КоличествоУчет может принимать отрицательные значения, а в Бухгалтерии - это неотрицательное число (в итоге при обмене данными поле остается пустым.

Как решить проблему? (снятие галочки Неотрицательное в конфигураторе не цивилизованный способ).

зависит от бумажной политики учета, и что там прописано в плане НДС...

в принципе если Вы платите полную сумму НДС без последующего зачета (зачет возможен например при ордерной схеме) то в бухгалтерии вообще можно не вести учет в разрезе номенклатуры а только в разрезе номенклатурных групп...