Если разбираешься и имеешь доступ к настройкам My SQL то лучше одним запросом, если нет - тогда порциями по 10 тыс, например. Вообще делал запись одним запросом 90 тыс позиций - порядка 2 сек. Нет там никаких глюков. При обрыве соединения в момент записи большой порции, если запрос написал правильно - My SQL норм отрабатывает отмену порции.
