Не эксперт в УТ. После неведомых действий пользователей в заказе клиента появилась ссылка "Оплачено по заказу" и кнопка "Зачет оплаты", которая является абсолютно бесполезной при простых вариантах оплаты и усложняет проведение заказа. Как ее убрать?

(0) Убрать никак.
Видимо в заказе вариант расчетов указан - по заказам.
Так же проверьте детализацию расчетов в соглашении

(1) Внутри договора есть поле "Детализация расчетов" по договорам и по заказам. При выборе "По заказам" - появляется "зачет оплаты", при выборе "По договорам" - не появляется. Вопрос. Что означает при выборе "По договорам" - "График исполнения определяется: "Заказами накладными"? Можно ли это использовать вместо детализации расчетов "По заказам"?

(1) Заранее спасибо

Поставьте по накладным, если у вас так ведут взаиморасчеты.

(4) у нас все ведется в разрезе заказов