Требуется получить таблицу остатков, но нужно соответствие нескольких полей.

Это было бы аналогично
ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ
Склад = ТаблицаОдин.Склад,
Товар = ТаблицаОдин.Товар

Но я не хочу вытягивать все остатки, а потом соединять, а сразу задать это в параметрах ВТ.

Вроде можно же так как то так:

Остатки(, Склад,Товар В (Выбрать Склад,Товар Из ТаблицаУслвий) )

(0) (Склад, Товар) В (ВЫБРАТЬ ВТ.Склад, ВТ.Товар ИЗ ВТ)

(2) Ага точно, спасибо.