Через что запускаете регл. задания:
средствами 1С или через планировщик заданий win?

С админом возник спор. Он говорит, что лучше задания запускать через планировщик (он знает 1С-ков, которые так делают). Лично я ни разу с таким предпочтением не сталкивался, если речь идет о базе на сервере.
Что думаете по этому поводу?

Через планировщик Windows надёжнее

Плюсы планировщика:
1. Можно явно указать, с правами какого пользователя ОС выполняется задача
2. Задача гарантировано не будет выполняться для копий базы

Минус планировщика:
В случае переезда на другой сервер, нужно не забыть настроить задания.