(2) Кэп намекает, что для этого надо делать документ перемещение. В нем среди прочих есть поля "Организация отправитель" и "Организация получатель".
Кроме того, на ИТС подробно описана операция перемещения между магазинами с применением ЕГАИС, но в соответствии с новыми правилами форума ссылку на это давать нельзя.