Всем доброго дня!

    НЗ = РегистрыБухгалтерии.Типовой.СоздатьНаборЗаписей();
    НЗ.Отбор.Регистратор.Установить(Регистратор);
    НЗ.Прочитать();
    
    ТЗ = НЗ.Выгрузить();

Почему-то в колонку СубконтоДт1 выгружаются договоры контрагентов, а в СубконтоДт2 контрагенты.
Какого лешего? В плане счетов всё с точностью до наоборот

Из синтакс-помощника (смотри последнее предложение):

РегистрБухгалтерииНаборЗаписей.<Имя регистра бухгалтерии>
Синтаксис:
Выгрузить(<Строки>, <Колонки>)
Возвращаемое значение:
Тип: ТаблицаЗначений.
Описание:
Создает таблицу значений..... При этом номера <Номер> могут не совпадать с номерами видов субконто на соответствующем счете.


Иными словами, отвечая на твой вопрос, выгружаются они в абсолютно произвольном порядке (как угодно).
А в каком порядке хранятся - к делу (работе метода Выгрузить) не относится.

(1) Спасибо! Уже час не мог понять в чем затык.

ЗЫ Расстрелять!

(2) Именно по этой причине в таблице есть колонки ВидСубконто<Номер>. Чтобы можно было понять какое значение в поле Субконто<Номер>.