Если полностью удалить зарегистрированный к обмену объект, он не удаляется из состава отправляемых данных и там остается битая ссылка, которая стопорит затем всю синхронизацию.
Не могу найти, где это исправить? В обработке удаления помеченных объектов добавить, чтобы снималась регистрация? Либо может в планах обмена или вообще в правилах регистрации?

(0) см. СП  УдалениеОбъекта (ObjectDeletion)

Странно, что типовой механизм не удаляет из состава обмена удаленные объекты. УТ последний релиз 11.3