Есть 2 базы, в них план счетов разный. Как более правильно сделать?
обмен идет "по организациям", то есть один документ никогда не идет в несколько узлов.

я вижу варианты

1. в настройку узла обмена добавляем таблицу трансформации счетов учета
2. в документах добавить реквизиты с типом Счет
3. прописать в правилах конвертации
4. прочее....

(0) Если в документах нет ссылок на счета, на вижу проблем.
Если есть, конвертировать, как обычно, в правилах.

В документе код, не относящийся к самому документу, не нужен. В настройках узла... Не вижу смысла, плюсов (если есть, подскажите).