Подскажите пожалуйста по смысловой нагрузке
справочников партнеры и контрагенты в УТ 11.3.

В чем их различие, зачем 2 справочника?

(0) 1 партнер у него 10 контрагентов, взаиморасчеты по партнеру

(0) на самом деле правда, нафиг не нужное нагромождение сущностей. В УТ 10.3 как-то обходились Головным контрагентом, без доп. справочника.

Просто один известный человек стал употреблять слово Партнер, как лицо для взаимодействия, совпало вот, что так оно и появилось и в 1С. Контрагенты - это взаимодействующее лицо по определению Бухгалтерии. Много еще слов новых появилось: например слово "в разы" вместо слова " в несколько раз" и т.д.

(2) Если тебе этот функционал не нужен, отключи. Есть соответствующая фо. По мне так это удобно, можно например описывать торговые сети. Центральный партнер+контрагент и дочерние партнеры (магазины) со своими контактами и адресами. А вообще тыщу раз такие вопросы задавались уже.

(4) пользователям это неудобно. Ни разу не видел пользователей, которые были бы от этого в восторге. А вот обратное сплошь и рядом видел.

всё уже 1000 раз обговорено
http://v8.1c.ru/erp/info/
Методика ведения нормативно-справочной информации о филиальных структурах.

(5)
это удобно, если знаете, где применять

Неочевидное предназначение партнеров. Зачем дублить сущности если партнеры по сути нужны только малому проценту контрагентов, зачем было их делать для каждого контрагента?