Случаю уже два.
1. При автоматизации очередной торговой точки бухгалтер оприходовала  товарs, внесла туда цены. На основании создаёт установку цен номенклатуры. А там цены появляются от другого магазина(который был автоматизирован раньше).
2. После занесения поступления осуществляется ввод на основании документа установка цен номенклатуры. Там появляются все виды цен. А хотелось бы только те, которые соответствуют магазину из поступления.
Решаются ли эти проблемы настройками программы или надо допиливать конфигурацию?

цены привязываются к товару и типу цен

(0) Правило Ценообразования - здесь у вас что?