Как настроить свойства типа объекта чтоб положить туда любое значение? Пробовал выбрать тип anyType и примитивные типы записываются без проблем а на ссылках ломается.

Создал свой тип значения с вариантом объединения, добавил нужные типы. Все прекрасно создается но когда передаю ОбъектXDTO по веб сервису в базу 1С значения меняются вместо числа строка. Что еще нужно сделать? Может нужно типы явно указать, как?

Выгрузите пример из типовой базы обработкой "Выгрузка загрузка Enterprisedata" и гляньте как там выглядят ссылки.
Можно как вариант выгружать 2 строковых поля - УИД и тип, например "СправочникСсылка.Номенклатура"