Суть:
1) Элемент справочника может быть помечен на удаление случайно. Потому, при пометке на удаление, очищать регистры нельзя.
2) Событие ПередУдалением отрабатывает после Контроля, перед непосредственным удалением из базы, который говорит, что на этот объект есть ссылки в регистрах.

Есть-ли мысли (или решение), как это обойти?

поставь флаг "Ведущее" у измерения регистра сведений

+1

(1) Спс:)