Сдаюсь, не смог найти как сделано.

Например берем БП, там есть подраздел Банк и Касса. Через Настройка навигации (шестеренка в правом верхнем углу) можно настроить состав этого раздела. Например оставить только кассовый раздел, а банк убрать. Где конкретно дается такая возможность?

Мне нужно такое же поведение в разделе Отчеты, а конкретно нужно скрыть групу 1С-Отчетность. Она там както гвоздями прибита и через эту панель не регулируется.

Где заложена связь, что в одном разделе можно управлять составом, в другом нет?

Вопрос снимается. Тему можно закрывать.

Через настройку действий можно скрыть эти разделы.